根据2020年1月9日审议通过的《闽南师范大学教育督导研究院章程》，设置组织架构。
一、运行团队
研究院设院长1名，常务副院长1名，执行院长1名，副院长若干名。院长由学校聘任，执行院长由教育与心理学院院长兼任。
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院长：吴彬镪 研究员 国家特约教育督导员，闽南师范大学原党委书记 福建省政协教科卫体委副主任 |
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常务副院长：林致远 研究员 | 执行院长：陈顺森 教授 |
福建省政府督学顾问 闽南师范大学校党委常委、副书记 | 福建省政府特约督学 闽南师范大学教育与心理学院院长 中国教育学会教育督导分会常务理事 |
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副院长：汪 敏 教授 | 副院长：罗先锋 教授 |
闽南师范大学教育与心理学院硕导， 闽南师范大学附属台商投资区小学副校长， 中国陶行知研究会新教育分会理事 | 闽南师范大学教育与心理学院硕导， 中国教育战略学会民办教育分会常务理事 |
研究院下设办公室、培训部、督政研究室、政策法规研究室、督学研究室、质量监测与评估研究室等。根据需要，聘任荣誉院长、名誉院长、客座教授、特约研究员等。
二、学术委员会
研究院设有学术委员会，主任1名，常务副主任1名，副主任2名，委员若干名。
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主任：李迅 正高级教师 国家督学，福建省教育厅原副厅长、一级巡视员 |
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常务副主任：林致远 研究员 | 副主任：郭献文 | 副主任：郑健成教授 |
福建省政府督学顾问闽南师范大学校党委常委、副书记 | 国家督学，厦门市教育局一级巡视员、市政府总督学 | 国家特约教育督导员，原福建幼儿师范高等专科学校校长 |
三、核心成员
现有22位学术研究骨干。其中正高级11人，副高级6人；博士生导师1人，硕士生导师17人；博士11人，在读博士2人；国家特约教育督导员1人，省政府督学顾问1人，省政府特约督学2人。自 2021年起招收教育督导方向的教育专业学位硕士研究生，并将在教育学一级学科下设置教育督导学硕士学位点招收研究生。
